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La surexploitation de certaines populations est, dans une partie de l’Europe (en France notamment), une cause historique de la régression du saumon. À l’échelle du globe, la surpêche fait partie des plus graves menaces pesant sur la santé des mers et de leurs habitants. Et le saumon n’est pas épargné, au contraire. Pour faire face à une demande particulièrement forte (en pleine expansion depuis quelques décennies), chaque jour, d’innombrables tonnes de saumons sont prélevées dans la mer à un rythme malheureusement très supérieur à celui de la reconstitution naturelle des stocks. Si aujourd’hui le saumon atlantique est produit à 93% par l’élevage, 88% du saumon pacifique consommé continue à provenir de la pêche.

Les pollutions marines touchent particulièrement l’hémisphère nord, historiquement le plus industrialisé et anthropisé. Des taux préoccupants de mercure et de méthyl-mercure et autres polluants sont trouvés chez les poissons marins dont les saumons. Les molécules de type PCB et de nombreux pesticides sont très solubles dans les graisses animales. Or, le saumon est un poisson gras. Pour franchir les obstacles qui le séparent de sa frayère, il « brûle » ses graisses, et libère dans son organisme les polluants qu’il a accumulés durant plusieurs années, avec une possible auto-intoxication. L’apport continu de pesticide en mer via les fleuves et d’autres pollutions émergentes (par exemple issues des centaines de dépôts immergés de munitions qui commencent à perdre leur contenu toxique) pourraient contribuer à expliquer le déclin des saumons en mer.

Le saumon juvénile, avant de pouvoir manger d’autres poissons, est d’abord un prédateur de petits invertébrés et d’insectes terrestres, notamment entre le moment de sa naissance et la fin de la dévalaison vers la mer. Or, ces invertébrés, la mouche de mai par exemple, sont globalement en régression, à cause des insecticides notamment, mais aussi à cause de la fragmentation de leurs habitats naturels.

Un réchauffement des eaux douces et marines a été constaté presque partout et souvent du haut du bassin-versant à l’estuaire. Or, ce changement de température affecte le saumon. Selon les scientifiques, le saumon de l’Allier dévale vers la mer de manière optimale dans une eau dont la température se situe entre 7,5°C et 13,5°C. Au-dessus de 20°C, il cesse tout mouvement migratoire.

Tout réchauffement de l’eau induit aussi une diminution de sa teneur en oxygène et peut contribuer au phénomène d’anoxie. De nombreux décès ont été constatés dans une eau à 25°C. Les poisons à sang froid, comme le saumon, sont probablement plus sensibles que les mammifères et oiseaux au réchauffement ou à des anomalies saisonnières de température. Et il en va sans doute de même pour certains de leurs agents pathogènes, plus agressifs quand la température augmente. Enfin, la température cumulée est aussi un signal qui déclenche le début et la fin de la migration chez le saumon. Ainsi, le dérèglement climatique pourrait affecter les populations de saumon car une précocité ou un retard de migration (dévalaison ou remontée) peuvent nuire à la reproduction de l’espèce et donc à sa survie.

Barrages, microcentrales, ponts… les fleuves sont parsemés de toutes sortes d’embûches retardant ou empêchant la migration des saumons qui ont pourtant besoin de rejoindre leur fleuve d’origine pour se reproduire. Ainsi beaucoup d’entre eux n’atteindront jamais les frayères, ce qui met en péril la régénération de l’espèce !